Die Sekundarstufe der Europäischen Schulen ist in drei Unterstufen unterteilt:

• Beobachtungsstufe: Diese umfasst die ersten drei Jahre der Sekundarstufe (S1-S3).

• Vororientierungsstufe: Diese umfasst das 4. und 5. Jahr der Sekundarstufe (S4-S5).

Am Ende dieser Stufe können Schüler/innen, die die S5 erfolgreich abgeschlossen haben, das Junior Laureate Zeugnis und den Mittleren Bildungsabschluss des Saarlandes erhalten. 

• Die Orientierungsstufe oder Europäische Abiturstufe: Diese umfasst die letzten beiden Schuljahre der Sekundarstufe (S6-S7).

Das Abschlusszeugnis der Europäischen Schulen heißt Europäisches Baccaleaureate. In allen EU-Mitgliedsstaaten sowie in einigen anderen europäischen Ländern und Drittstaaten wird es als Hochschulzugangsberechtigung anerkannt.